¿Por qué los artículos marcados no se eliminan automáticamente y cómo ordeno la lista?

Es a propósito: lo marcado se queda tachado al principio para que mantengas la visión de conjunto durante la compra y no metas nada dos veces en el carrito. Para eliminarlo, toca la píldora azul « Limpiar » de la parte inferior de la lista (aparece en cuanto marcas algo) — o agita el iPhone, si el gesto de agitar está activado.

Si lo prefieres automático, puedes configurarlo en una lista abierta, arriba a la derecha, en « ⋯ » → « Ajustes de lista » → « Personalización » → « Eliminar artículos automáticamente ». Se aplica al cerrar la app.

Por cierto, esto no borra tus productos: se quedan en el catálogo de productos y los recuperas en cualquier momento con unos pocos toques.